정부는 지난 8월 3일 세제발전심의위원회를 열고 2026년 세제개편안을 확정했다. 7일 벤처‧스타트업 주요 단체인 벤처기업협회와 한국벤처캐피탈협회, 코리아스타트업포럼 등은 3일 재정경제부가 발표한 2026년 세제개편안에 대해 “이번 개편안이 민간 벤처 투자를 촉진하고 생태계 성장 기반을 넓히는 방향”이라는 말로 환영의 뜻을 밝혔다. 물론 벤처기업 성과조건부주식(RSU) 세제 지원처럼 업계가 꾸준히 요구해 온 과제가 반영되지 않은 점을 들며 추가 논의가 필요하다고 밝히기도 했지만 벤처 생태계에 긍정적 작용을 할 것이라는 환영 의사를 표한 것.

중소벤처기업부도 7일 별도 참고자료를 내고 중소·벤처 분야 개편 내용을 따로 설명했다. 노용석 중기부 제1차관은 이번 개편안이 중소기업이 성장 이후에도 도약할 수 있는 성장사다리를 구축하는 데 중점을 뒀다고 밝혔다. 개편안은 8월 중순까지 입법예고를 거쳐 9월 초 정기국회에 제출된다.

이번 세제개편안 가운데 중소‧벤처 분야 개편 내용만 추려보면 가장 큰 변화는 벤처투자 세제지원 업력 요건이 창업 후 7년에서 10년으로 늘어난 걸 들 수 있다. 벤처투자회사·창업기획자·신기술사업금융업자 등 벤처기업 주식 양도차익 비과세, 거주자의 벤처기업 주식 양도차익 비과세, 내국법인이 벤처기업에 출자할 때 받는 취득가액 5% 세액공제가 모두 해당된다. 그간 설립 7년이 지난 기업에 대한 후속·대형 투자는 세제 혜택 밖에 있었지만 개편안이 통과되면 스케일업 단계 기업까지 혜택이 미친다.

2028년 말로 예정된 비과세 특례 일몰 조항 2건은 삭제되어 상시 제도가 된다. 인구감소관심지역 소재 벤처기업에 직접 신규 출자하는 경우 공제율은 5%에서 7%로 오른다. 적용 시점은 2027년 1월 1일 이후 취득·출자분이다.

민간 자금 유입 통로로는 기업성장집합투자기구(BDC) 과세특례가 신설된다. 펀드 자산 60% 이상을 벤처·혁신기업에 투자하는 상장 공모펀드로 전용계좌를 통해 투자하면 배당소득에 9% 분리과세가 적용된다. 납입 한도는 1억 원이며 금융소득종합과세 대상자는 제외다.

<2026년 세제개편안, 벤처·스타트업 관련 주요 변화>

구분	현행	개정안
벤처투자 세제지원 업력요건	창업 후 7년 이내	10년 이내로 완화
벤처기업 주식 양도차익 비과세	2028년 말 일몰	일몰 삭제, 상시화
법인의 벤처 출자 세액공제	취득가액의 5%	인구감소·인구감소관심지역 직접 출자 시 7%
BDC 투자 배당소득	일반 배당과세	9% 분리과세(납입한도 1억원)
국내생산세액공제	없음	이차전지·반도체 등 6대 분야 신설
창업중소기업 세액감면	벤처 50%, 비수도권 일괄 적용	지역 4단계 세분화, 벤처·점프업 최대 80%, 청년 신산업 최대 100%
중소기업특별세액감면	졸업 시 감면 종료	졸업 후 3년간 감면율 절반 적용
R&D·통합투자 세액공제	지역 구분 없음	지방우대계수 1.0~1.5배 적용
중소기업 취업자 소득세 감면	청년 5년간 90%, 올해 말 종료	지방 최대 10년, 2029년 말까지 연장
지방 이주수당	공공기관 이전자만 비과세	기업 지급분 월 20만~50만원 비과세
제3자 사업승계	없음	양도세 20% 감면, 승계기업 5년간 10% 감면
벤처기업 재투자 양도세 과세이연	적용 중	2026년 말 종료
벤처기업 출자자 제2차 납세의무 면제	2028년 말까지	2026년 말로 단축
전략적 제휴 주식교환 과세이연	적용 중	2027년 말 종료

성장 단계 기업을 겨냥한 지원도 담겼다. 이차전지·반도체·태양광·풍력·핵심소재·인공지능 로봇부품 6개 분야를 대상으로 국내생산세액공제가 신설되어 핵심 공정을 국내에서 수행하고 국내에 판매하는 물량에 세액공제가 주어진다. 적용 기한은 2036년까지이며 수도권 과밀억제권역 생산분은 공제 대상에서 빠진다.

중소기업 졸업 시점 세부담을 완화하는 점감구조도 도입된다. 중소기업특별세액감면은 졸업 유예기간(5년, 상장기업 7년)이 끝난 뒤 3년간 중기업 감면율 절반을 적용해 혜택이 한 번에 사라지지 않도록 했다.

지방 소재 기업에는 별도 가산이 붙는다. R&D 세액공제와 통합투자세액공제에 지역별 1.0~1.5배 지방우대계수가 적용되고 창업중소기업 세액감면은 지역을 4단계로 세분화해 벤처기업 감면율이 최대 80%까지 올라간다. 감면 우대유형에는 점프업 중소기업과 청년신산업 중소기업이 추가됐다. 중소기업 취업자 소득세 감면은 비수도권일수록 기간이 길어져 청년의 경우 최대 10년간 90% 감면을 받으며 적용 기한도 2029년 말까지 연장된다. 수도권 기업이 지방으로 사업장을 옮기거나 신·증설한 뒤 근무지를 이동한 근로자에게 지급하는 이주수당은 월 20만 원, 기타 비수도권 우대지역은 월 50만 원까지 비과세된다.

회수·승계 측면에서는 제3자 사업승계 과세특례가 신설된다. 20년 이상 기업을 경영한 60세 이상 최대주주가 동종 업종 경영자나 5년 이상 근무한 임직원에게 지분 또는 사업용 자산을 넘기면 양도소득세를 20% 감면하고 사업을 넘겨받은 기업은 5년간 소득세·법인세를 10%(연 5억원 한도) 감면받는다. 2028년부터 2030년까지 한시 적용된다.

반면 기존 벤처 관련 특례 일부는 정리된다. 창업주가 보유 주식을 매각한 뒤 벤처기업 등에 재투자하면 양도소득세를 이연해 주던 특례는 2026년 말로 종료되고 벤처기업 출자자의 제2차 납세의무 면제 특례도 당초 2028년 말이던 기한이 2026년 말로 앞당겨진다. 전략적 제휴를 위한 비상장 주식교환 과세이연 특례 역시 2027년 말 일몰과 함께 끝난다. 정부는 조세지출 효율화를 이유로 들었다.

2026 세제개편안 – 벤처·스타트업 생태계 핵심 요약

중소벤처기업부 2026.08 발표자료 기반 2026.08.07 기준

2026 세제개편안 벤처 생태계 핵심 요약

창업·벤처기업의 스케일업 동력 확보, M&A 사업승계 과세특례 신설, 세제지원 일몰 상시화 등 벤처 자금 선순환과 지역 성장을 이끌 5대 핵심 개정 포인트를 정리했습니다.

스케일업

벤처투자 대상 업력 확장

7년 10년

성장기 딥테크·스케일업 기업도 벤처투자 세제 혜택 수혜

투자 비과세

주식 양도차익 비과세

’28년 일몰 상시화

VC 및 개인 벤처투자 주식 양도소득 비과세 특례 영구 적용

지방 창업

청년 신산업 비수도권

최대 100% 감면

비수도권 창업 감면율 차등 상향 (점프업 기업 최대 80%)

M&A 승계

제3자 사업승계 특례

양도세 20%↓

매도자 양도세 20% 감면 + 승계기업 법인세 5년간 10% 감면

1. 벤처투자 및 모험자본 공급 대폭 확대

투자가능 대상 범위를 넓히고 비과세 제도를 전면 상시화합니다.

업력 제한 완화 조특법 제13조·14조

스케일업 투자 세제 혜택 지원

기존 7년 이내 초기 기업에 한정되었던 벤처투자 세제 지원을 설립 후 10년 이내 기업까지 확대하여 딥테크 및 중기 성장기업 자금난을 해소합니다.

기존 (7년) 개정안 (10년 이내)

+3년 스케일업 구간 세제지원 수혜!

비과세 상시화 일몰기한 삭제

벤처주식 양도차익 비과세 영구화

2028년 12월 31일로 종료 예정이었던 거주자 및 VC, 기금운용법인의 벤처기업 주식 양도차익 비과세 일몰 조항을 완전 폐지(상시화)합니다.

투자 예측 가능성 극대화

’28년 일몰 삭제 ➔ 영구 적용

지방 투자 특례 조특법 제13조의2

인구감소지역 직접출자 세액공제

내국법인이 지방 인구감소(관심)지역에 위치한 벤처기업 등에 직접 출자할 경우 세액공제율을 기존 5%에서 7%로 상향 (+2%p)합니다.

기존 법인 공제

인구감소지역

7% (+2%p)

2. 창업중소기업 세액감면 재설계 (지역 및 유망 유형 우대)

수도권 집중을 완화하고, 점프업 및 청년 신산업 기업의 지방 창업을 파격 지원합니다.

구분 / 기업 유형	수도권 (과밀)	수도권 (일반)	비수도권 (광역시 등)	비수도권 (기타)	비수도권 (우대지역)★
일반 중소기업	미적용	50%	50%	60%	70%
벤처 / 에너지 / 신기술	50%	50%	60%	70%	80%
점프업 중소기업 신설	50%	50%	60%	70%	80%
청년 신산업 중소기업 강화	50%	50%	60%	85%	100% (전액)

점프업 중소기업: 중기부 컨설팅, 투자유치 지원 패키지 사업 선정 유망 기업.

지방우대지수 반영: 행안부 지방우대지수(서울과의 거리, 인구/경제여건 등)를 고려하여 대통령령으로 우대지역 지정.

조특법 제30조의8 신설

3. 제3자 사업승계(M&A) 과세특례 신설

고령화 및 친족 후계자 부재 중소기업의 M&A 승계를 통한 엑시트(Exit) 및 기술 전수 지원

매도자 (피승계기업)

양도소득세 20% 감면

연령 요건: 60세 이상 최대주주/최대출자자
경영 기간: 20년 이상 계속 경영한 우량 기업
대상 자산: 주식·출자지분 또는 사업용 자산 양도

양도소득세 20% 즉시 감면

매수자 (승계기업)

법인세·소득세 5년간 10% 감면

기업 인수자: 동종 업종 10년 이상 경영 법인/개인
임직원 인수(MBO): 피승계기업 5년 이상 근속 임직원
경영 안착 지원: 인수한 사업부문 세제 지원

승계 후 5년간 법인세·소득세 10% 감면

기대 효과: 친족 상속/증여 외에도 외부 M&A 및 근로자 인수(MBO)를 통한 기술·노하우 자산의 계속성을 확보하여 폐업 방지 및 지속 성장을 유도합니다.

4. 세제지원 점감구조 도입

피터팬 증후군 완화 및 스케일업 완충 장치

중소기업이 성장 후 졸업 유예기간(5~7년)이 종료되었을 때 세제 혜택이 급격히 줄어드는 충격을 완화하기 위해 3년간 점감 적용 구간을 신설합니다.

중소기업 특별세액감면 유예 종료 후 3년간 중기업 감면율의 50% 적용

영상·웹툰 콘텐츠 제작 유예 종료 후 3년간 공제율 12.5% 적용

갑작스러운 세부담 증가 없이 안정적인 성장 유지 지원

5. 안전시설 가속상각 특례 신설

산재·화재 예방 투자 초기 세부담 절감

중소기업이 산업재해 예방시설, 화재 예방설비 등 안전 관련 자금 투자 시 감가상각 기간을 단축하여 투자 초기 손금 산입을 확대합니다.

감가상각 신고내용연수 적용

기준 내용연수의 50% 범위 내 단축 가능

투자 초기 현금흐름 개선 및 안전한 현장 환경 선제적 구축

6. 중소기업 취업자 근로소득세 감면 (지방 인재 유치)

비수도권 및 지방 우대지역 취업자의 근로소득세 감면 기간과 감면율을 파격 확대합니다. (~2029년까지 연장)

청년 취업자

감면율 90% 고정

수도권 / 비수도권 광역시: 5년 감면

기타 비수도권: 7년 감면 (+2년)

기타 비수도권 우대지역: 10년 감면 (+5년)

60세 이상, 장애인, 경력단절자

감면 기간 3년 고정

수도권 / 비수도권 광역시: 70% 감면

기타 비수도권: 80% 감면 (+10%p)

기타 비수도권 우대지역: 90% 감면 (+20%p)